Un episodio che mise a dura prova l’iniziale scetticismo di Hynek, convinto che fosse possibile trovare una spiegazione naturale per ogni avvistamento UFO, si verificò il 23 luglio 1948. Per la prima volta due testimoni competenti ed imparziali erano riusciti ad osservare molto da vicino un UFO. Protagonisti, il comandante C.S. Chiles ed il suo secondo, J.B. Whitted. I due stavano pilotando un DC-3 da trasporto della Eastern Airlines in volo da Houston a Boston. Alle 2.45 del mattino i nostri stavano volando a quota 1.600 metri, sopra Montgomery in Alabama quando Chiles vide, improvvisamente, un oggetto rosso cupo che si avvicinava rapidamente da destra. Chiles disse a Whitted che poteva trattarsi di un nuovo jet militare. Entrambi i piloti vedevano l’oggetto dirigersi verso di loro, ma non se ne preoccupavano. Tutte le luci di posizione erano accese ed essi dovevano essere molto vistosi; la notte era limpida e la luna splendeva in cielo molto chiara, si dissero i due. Che non temevano certo uno scontro nel cielo. Pure, in barba alle norme della più elementare prudenza, l’oggetto continuava a puntare minacciosamente verso i due, che ad ogni momento, lo vedevano diventare sempre più grande. Chiles e Whitted cominciarono a sudare freddo. Il fuso era ormai
loro addosso. Con la forza della disperazione cercarono di far inclinare sulla sinistra l’ingombrante DC-3. In quel momento l’oggetto cambiò rotta, sfrecciando a soli 30 metri dall’ala destra. Stava filando a più di 1000 km! Mentre i due piloti, pallidi in volto e madidi di sudore, osservavano con gli occhi sgranati quell’ordigno che si allontanava, l’UFO sprigionò una fiammata arancione nella fusoliera e scomparve tra le nubi. In seguito, i due piloti dissero di aver notato una fila di oblò lungo la fusoliera, che brillavano come lampi al magnesio. Il professor Hynek spiegò l’incidente con il passaggio di una meteora, mentre un altro consulente del Project Sign, astronomo, scrollò le spalle ed attribuì il tutto alla fantasia troppo accesa dei due piloti. Tuttavia l’incidente ebbe una profonda influenza sul Sign, tanto che numerosi ricercatori stesero un rapporto informale sulla situazione, sostenendo che almeno una parte degli UFO potevano essere extraterrestri. Rapporto segreto consegnato al generale Vandemberg, e da questi distrutto perchè non si venisse a sapere della realtà degli UFO.
In quel periodo, difatti, il Pentagono si era mosso per ridimensionare la questione, paventando per la sicurezza nazionale, diramando un documento senza firma in cui gli UFO venivano spiegati come «riflessi solari su nuvole a bassa quota» (caso Arnold), «piccole meteore che riflettono le onde luminose» (i foo-fighters), «formazioni di ghiaccio vaganti nell’atmosfera». I continui e ripetuti avvistamenti sia di UFO che di umanoidi in tutto il mondo avrebbero però messo a dura prova la credibilità di queste spiegazioni razionali.